הרשות המקומית מחויבת על פי חוק לערוך מידי תקופה בדיקת חיובי ארנונה בנכסים שנמצאים תחת שיפוטה, בבדיקה זו בוחנת הרשות את סיווגי הנכסים, שטח הנכסים והתאמתם לרישומי ספרי העירייה. לעתים העיריות מנסות להעשיר את קופתם בדרך דרקונית ובדרישת חיוב עבור תוספת חיוב שונה, המגיעות לעתים עד 7 שנים וכוללות הצמדות וריביות גבוהות. החקיקה בעניין זה לא מקלה על עסקים אשר שטחם גדל בעקבות תוספות בניה שבוצעו ללא דיווח לעייריה. אולם אם הרשות השיתה חיוב ארנונה רטרו עבור שנים עברו, מגמת הפסיקה אינה מקבלת את התיקונים באופן רטרואקטיבי באופן גורף, וייתכן כי תסתפק בחיוב מעודכן מתחילת שנת המס בו בוצעה המדידה.

חיוב הארנונה מתבסס על מספר פרמטרים אשר קובעים את גובה הארנונה, חיוב הארנונה נקבע על פי שטח, סיווג, אזור (בחלק מהמקרים יש הנחות מיועדות למחזיק או לנכס). מומלץ בעת קבלת התשלום השנתי של הארנונה לבדוק האם שטח הנכס תואם את גודלו בפועל. לעניין הסיווג יש לעבור על צו הארנונה ברשות הרלוונטית, לבדוק האם ישנו סיווג שהגדרותיו מתאימות לאופי פעילות הנכס, ואח"כ לבדוק האם הוא מופיע ברישומי העירייה כנדרש. יש לציין כי במרבית הרשויות לא נמצא סיווג מתאים בצו הארנונה, במקרה זה קיים מרווח "אפור" המאפשר להסב את סיווג הנכס בתעריף ארנונה נמוך יותר.

עיריית תל אביב מחויבת לשנות את סיווג העסק המשמש כמספרה בתעריף תעשייה ומלאה, פס"ד בר"ם 4021/09 מנהל הארנונה נגד חברת מישל מרסייה בע"מ.
במידה וחיוב הארנונה עדין עסקי, יש לכתוב מכתב למנהל הארנונה של עיריית תל אביב, ולבקש לבצע את שינוי הסיווג בהתאם לבר"ם 90/1204 – מנהל הארנונה נגד חברת מישל מרסייה בע"מ.

הפחתת ארנונה לעסק כרוכה בבדיקות מקיפות, שכן צו הארנונה ובדיקת תוקפו מצריכה בדיקה יסודית. הפחתת ארנונה יכול להתבצע על פי פטורים קבועים ברשויות, כגון פטור נכס ריק (הפטור הינו חד פעמי לתקופת בעלות, ותוקפו עד כ-6 חודשים). הפחתת ארנונה בגין נכס לא ראוי יינתן כאשר הנכס אינו בשימוש ואינו ראוי. כמו כן, ישנם עוד אפשרויות להפחתת ארנונה כגון בדיקת שטח, פרשנות בסיווג הנכס ועוד.

ניתן לערער על גובה הדרישה לתשלום ארנונה תוך 90 מיום דרישת התשלום, כאשר תשובה תתקבל ממנהל הארנונה בתוך 60 יום. ערעור על החלטת מנהל הארנונה ניתן להגיש לוועדת ערר לארנונה.